Partidul african pentru independența Guineei și Capului Verde (PAIGC) a găsit un sprijin gata în aceste colonii portugheze pentru mesajul său de avansare socială și economică prin revoluția politică. În 1961 a adoptat un steag oarecum similar cu cel al țărilor independente vecine din Guineea și Ghana, care discutau atunci despre o viitoare federație a țărilor din Africa de Vest. La roșu-galben-verde pan-african, mișcarea de eliberare pentru Guineea-Bissau a adăugat o stea neagră pe banda de ridicare. Această dungă și stea corespundeau geografic regiunii de coastă de vest cu capitala sa, Bissau (de unde a derivat numele național). Dungile orizontale din partea rămasă a drapelului și culorile lor galbene și verzi corespundeau aproximativ savanelor din nord și pădurilor din sud.
Oficial, despre steaua neagră s-a spus că este un simbol al conducerii PAIGC, culoarea sa făcând referire la poporul african și determinarea lor de a trăi în demnitate, libertate și pace. Galbenul a fost interpretat ca un simbol al recoltei și al fructelor muncii, atât în agricultură, cât și în alt mod. Green a amintit de vastele jungle și de terenurile agricole, care au furnizat un trai pentru marea majoritate a cetățenilor. Steagul partidului a încorporat și inițialele PAIGC, omise atunci când a fost proclamată independența la 24 septembrie 1973. Portugalia nu a recunoscut Guineea-Bissau sau drapelul său decât după propria revoluție din 1974; cu toate acestea, o mare parte din Guineea-Bissau era deja sub controlul PAIGC și a pavilionului său. Capul Verde a abandonat în cele din urmă politica marxistă a PAIGC și și-a schimbat pavilionul național, însă Guinea-Bissau păstrează designul original.
