Bosnia, cu populația sa etnică mixtă, nu a dezvoltat niciodată simboluri naționale distinctive. În perioada Iugoslaviei condusă de comuniști din 1946 până în 1991–92, de exemplu, Republica Socialistă Bosnia și Herțegovina a folosit pur și simplu un steag roșu cu o versiune mică a pavilionului național iugoslav din canton. La data proclamării independenței la 3 martie 1992, nu a existat niciun steag care să fie acceptabil pentru bosniaci, sârbi și croați ai țării. Prin urmare, guvernul dominat de Bosnia a adoptat ceea ce spera să fie un simbol neutru din trecutul îndepărtat. Acesta a ales stema folosită de regele Stjepan Tomaš (domnit 1443–61), pe care a atribuit-o celui mai mare domnitor bosniac medieval, Tvrtko I (1377-1991). Acest scut albastru cu o dungă albă diagonală care separă șase fleurs-de-lis aurii a fost plasat în centrul unui steag alb. Prezentarea artistică, adoptată oficial pe 4 mai 1992, a fost creată de Zvonimir Bebek.
Acest steag a fost respins de mulți croați și sârbi, deoarece națiunea a alunecat în războiul civil. Acordurile de pace semnate la Dayton, Ohio, SUA, la sfârșitul anului 1995, au recunoscut împărțirea țării între Republica Sârbă și Federația Bosniei și Herțegovinei, numită adesea federația croat-musulmană. Fiecare stat avea propriile simboluri, iar croații au continuat să folosească drapelul croat, preferând steagul federației, dar drapelul republicii din 1992 era încă recunoscut pe plan internațional.
Acordurile din 1995 au cerut crearea eventuală a unui steag care să înlocuiască designul din 1992, dar legislatura națională a fost ineficientă în această privință. Astfel, Națiunile Unite au stabilit un nou pavilion (4 februarie 1998) care nu putea fi legat simbolic de un singur grup etnic, religios sau politic.
