Clasificare după „personaje naturale”
Linnaeus nu a considerat sistemul sexual drept contribuția sa principală la „reformarea botanicii” la care aspira. Principala contribuție a venit sub forma unei broșuri, Fundamenta Botanica (1736; „Bazele Botaniei”), care a încadrat principiile și regulile care trebuie urmate în clasificarea și denumirea plantelor.
În 1735 Linnaeus l-a întâlnit pe Boerhaave, care l-a introdus pe Linnaeus lui George Clifford, un comerciant și bancher englez local care avea legături strânse cu Compania Olandeză a Indiei de Est. Impresionat de cunoștințele lui Linnaeus, Clifford i-a oferit lui Linnaeus o poziție de curator al grădinii sale botanice. Linnaeus a acceptat poziția și a folosit această ocazie pentru a extinde anumite capitole din Fundamenta Botanica în publicații separate: Bibliotheca Botanica (1736; „Biblioteca de Botanică”); Critica Botanica (1737; „O critică a botanicii”), pe nomenclatura botanică; and Classes Plantarum (1738; „Classes of Plant”). A aplicat cadrul teoretic prevăzut în aceste cărți în două publicații suplimentare: Hortus Cliffortianus (1737), un catalog al speciilor conținute în colecția Clifford; și Genera Plantarum (1737; „Genera de plante”), care au modificat și actualizat definițiile genurilor de plante oferite pentru prima dată de Tournefort.
Genera Plantarum a fost considerat de Linnaeus drept realizarea sa taxonomică încununătoare. Spre deosebire de încercările anterioare ale altor botanici de definire generică, procedate de un set de divizii arbitrare, Genera Plantarum a prezentat un sistem bazat pe ceea ce Linnaeus numea „caracterele naturale” ale genurilor - descrieri morfologice ale tuturor părților de flori și fructe. Spre deosebire de sistemele bazate pe divizii arbitrare (inclusiv propriul său sistem sexual), un sistem bazat pe caractere naturale ar putea găzdui numărul tot mai mare de noi specii - care de multe ori au trăsături morfologice diferite - care se revarsă în Europa din posturile sale comerciale și din coloniile de peste mări.
Distincția lui Linnaeus între clasificările artificiale și cele naturale ale organismelor a ridicat totuși problema mecanismului care permite organismelor să cadă în ierarhii naturale. El nu putea răspunde decât la această întrebare în ceea ce privește speciile: speciile, potrivit lui Linnaeus, aveau formă similară, deoarece derivau din aceeași pereche parentală creată de Dumnezeu la începutul lumii. Mulți dintre contemporanii săi au împărtășit un concept similar de specie. Un astfel de personaj notabil a fost naturalistul francez Georges-Louis Leclerc de Buffon, care a fost angajat într-un proiect similar de istorie naturală cu totul cuprinzător la acea vreme - deși Buffon se îndoia de existența genurilor, ordinelor sau claselor naturale. Linnaeus a încercat să explice existența acestor diviziuni în contextul hibridării; cu toate acestea, întrebarea despre ierarhiile naturale nu ar primi un răspuns satisfăcător până când naturalistul englez Charles Darwin a explicat similaritatea prin descendență comună în „Origin of Species” (1859).
