Sinodul Trentului.
În mai 1536, Papa Pavel a publicat un taur al convocării pentru a propune consiliul său în Mantua. De asemenea, el a autorizat un grup select de cardinali să întocmească un raport asupra abuzurilor din cadrul bisericii. Ghidat de cardinalul Gasparo Contarini, acest grup a denunțat hirotonia preoților slab pregătiți, selecția episcopilor incompetenți, acumularea de benefici și decaderea ordinelor religioase, predicarea și îngrijirea sufletelor. Raportul a căzut însă în mâinile protestante și a fost folosit de Luther într-un atac violent asupra Bisericii Romane și a papalității. Cu toate acestea, Papa și-a urmărit planurile de a ține conciliul, programat să se deschidă la 23 mai 1537, la Mantua. Cu o răbdare infinită, Pavel a căutat să depășească opoziția împăratului, a regilor, a prelaților și a prinților, prorogând și amânând deschiderea conciliului din nou și de-a lungul a nouă ani, dar, în cele din urmă, reușind să o facă inaugurată de legatul său, cardinalul Giovanni del Monte, în Trent la 13 decembrie 1545.
În deosebire de clamarea protestanților, împăratul a insistat ca sinodul să se limiteze mai ales la abordarea disciplinei și reformei. Cu toate acestea, decizia Papei de a acorda prioritate problemelor doctrinare și, în sesiunile sale timpurii, Consiliul de la Trent a declanșat decrete privind canonul Scripturilor, păcatul inițial, îndreptățirea și sacramentele, precum și reforma. Temerile de ciumă și amenințarea unui atac al forțelor armate protestante l-au determinat pe Papa să accepte transferul sinodului la Bologna în februarie 1548. Dar împăratul a interzis prelaților spanioli și germani să meargă la Bologna, iar Papa a trebuit să suspende Consiliul. la 17 septembrie 1549. Cu toate acestea, această primă fază a Sinodului din Trent a atins un pas substanțial înainte, ceea ce a dus la o reformă completă a învățăturii și disciplinei Bisericii.
De-a lungul pontificatului său, Papa Pavel a vizitat frecvent locuri cu probleme în statele papale și nu numai. A fost în Civitavecchia în 1535 și 1537; a vizitat Lucca și Piacenza în drum spre Nisa în 1538; a apărut la Perugia pentru a liniști orașul după ce forțele sale au rupt puterea familiei Colonna în 1540; iar în 1543 a vizitat Bologna în drum spre Busseto pentru a-l întâlni pe împărat.
