Steagul a fost adoptat de Consiliul Teritorial în 1967. Dungile sale inegale verticale sunt denumite „palide canadiene”, deoarece corespund celor din pavilionul național canadian. (În heraldică, un pal este o dungă verticală centrală pe un scut, care acoperă în mod normal o treime sau mai puțin din zonă.) Dungile verzi din steagul Yukon sunt destinate pădurilor teritoriului, în timp ce albastrul este pentru râuri și lacuri; albul este pentru zăpada arctică. Emblema centrală este stema oficială din Yukon, care a fost acordată teritoriului la 24 februarie 1956, prin mandat regal. Această stemă a fost proiectată de comandantul Alan B. Beddoe, în timp ce drapelul era conceptul domnului Lynn Lambert, student la Haines Junction.
Creasta din stema prezintă un câine Malamute, care a fost utilizat pe scară largă în deschiderea teritoriului Yukon, bogat în minerale, către locuința europeană. Fâșia verticală ondulată de pe scut reprezintă râul Yukon, triunghiurile roșii sugerează munți, iar discurile de aur se referă la aur și alte minerale. Crucea Sf. Gheorghe (a Angliei), plus simbolul heraldic pentru blană și floarea teritorială (fireweed), completează designul stemei.
