Fostă colonie britanică, Seychelles a devenit independentă la 29 iunie 1976. Steagul înălțat la acea vreme avea triunghiuri alternante de albastru și roșu, despărțite de o cruce diagonală albă. Poate că nu întâmplător, acel steag era aproape exact același cu cel folosit de compania australiană de navigație cu vapori, ale cărei nave vizitau regulat insulele la începutul secolului XX. Steagul nu a durat mult: o revoluție a avut loc la 5 iunie 1977, sub conducerea Partidului Popular Unit din Seychelles (SPUP). Noul steag avea dungi orizontale roșii-verzi, separate de o bandă albă ondulată, care era la fel ca steagul SPUP, cu excepția omisiunii unui soare galben în centru.
În 1993 presiunea puterilor străine a dus la democratizarea guvernului. Partidul de guvernământ și-a pierdut monopolul la alegeri, iar participarea altor partide la guvernare a dus la o cerere pentru un pavilion național mai puțin partizanat. Parlamentul a aprobat un design care să includă culorile diferitelor partide într-un steag care a fost ridicat la 18 iunie 1996. Culorile drapelului sunt albastre (pentru cer și mare), galben (pentru soarele care dă viață), roșu (pentru oamenii și munca lor pentru unitate și iubire), albe (pentru dreptate socială și armonie) și verzi (pentru pământ și mediu natural).
