Biserica ortodoxă coptă din Alexandria, numită și Biserica Ortodoxă Coptică, biserica ortodoxă orientală și biserica creștină principală în Egiptul preponderent musulman. Oamenii din Egipt înainte de cucerirea arabă în secolul al VII-lea s-au identificat și limba lor în greacă drept Aigyptios (arab qib q, occidentalizat ca copt). Când musulmanii egipteni au încetat mai târziu să se numească Aigyptioi, termenul a devenit numele distinctiv al minorității creștine. În secolele XIX și XX au început să se numească ortodocși copti pentru a se distinge atât de copți care s-au convertit la catolicism roman (vezi și Biserica Catolică Coptă), cât și de ortodocși orientali, care sunt în mare parte greci (vezi și Patriarhia ortodoxă greacă din Alexandria).
În secolele al IV-lea și al V-lea a apărut un conflict teologic între copți și romanii de limbă greacă, sau melchite, în Egipt. Consiliul de la Calcedon (451) a respins doctrina monofizită - credința că Isus Hristos nu avea decât o natură divină, nu umană, și a afirmat atât divinitatea, cât și umanitatea sa. Melchitii au recunoscut rezultatul lui Calcedon. Biserica coptă, însă, a devenit una dintre mai multe biserici răsăritene care au respins limbajul hristologic despre cele două naturi ale lui Hristos convenite la Calcedon. Cu toate acestea, în timp ce bisericile ortodoxe romano-catolice și de est denunțau aceste biserici din est ca eretici monofizite, biserica coptă și alte biserici pre-calcedoniene sau (încă din secolul XX), au adoptat o poziție teologică numită miafizitism. Mărturisind afirmația Sfântului Chiril din Alexandria (c. 375-444) proclamând „natura întrupată a Cuvântului” lui Dumnezeu, miafizitele au declarat că atât umanitatea lui Hristos cât și divinitatea erau la fel de prezente prin Întrupare într-o singură natură (de aici și Prefixul grecesc mia, „același”) ca Cuvântul a făcut carne. În loc să nege umanitatea lui Hristos, așa cum au fost acuzați că au făcut-o, bisericile copte și alte mafisite au dat atât umanității sale, cât și divinității sale prezență egală în persoana lui Hristos.
După cucerirea arabă a Egiptului în secolul al VII-lea, coptii au încetat să mai vorbească greacă, iar bariera lingvistică s-a adăugat la controverse. Diferitele încercări de compromis ale împăraților bizantini au ajuns la nimic. Ulterior, califii arabi, deși tindeau să-i favorizeze pe cei care au adoptat islamul, nu au intervenit prea mult în treburile interne ale bisericii. Jizya, taxa percepută non-musulmanilor care trăiesc într-un stat islamic, a fost abolită în secolul al XVIII-lea.
Araba este folosită acum în serviciile Bisericii Ortodoxe Copte pentru lecțiile din Biblie și pentru multe dintre imnurile variabile; doar anumite scurte refrenuri pe care le înțelege toți oamenii biserici nu sunt în arabă. Cărțile de serviciu, folosind liturgiile atribuite Sfântului Marcu, Sf. Chiril al Alexandriei și Sf. Grigorie de Nazianzus, sunt scrise în copt (dialectul bohairic al Alexandriei), textul arab în coloane paralele.
Biserica Ortodoxă Coptă a dezvoltat un sistem democratic de guvernare după anii 1890. Patriarhul și cei 12 episcopi diecezani, cu asistența consiliilor comunitare în care laicii sunt bine reprezentați, reglementează finanțele bisericilor și școlilor și administrarea regulilor referitoare la căsătorie, moștenire și alte chestiuni de statut personal. Când patriarhul moare, un colegiu electoral, preponderent format din laici, alege trei călugări calificați corespunzător, cu vârsta de cel puțin 50 de ani, ca candidați pentru funcția de patriarh. Printre aceste trei, alegerea finală se face prin tragere la sorți după rugăciune.
Episcopul de rang înalt este patriarhul Alexandriei, care locuiește în Cairo; el este numit papa și revendică autoritatea apostolică pentru biroul său de la Sfântul Marcu. Biserica are propriile sale școli primare și secundare în multe locuri din Egipt, precum și o mișcare puternică duminică-școlară pentru educația religioasă a copiilor care nu pot merge la școlile copte. Există un Institut de Studii Copte la Cairo, un colegiu teologic conectat cu institutul și un muzeu coptic; învățătura Bisericii Ortodoxe Copte a devenit chiar baza programului folosit în învățământul religios al copiilor creștini în școlile guvernamentale.
Există biserici ortodoxe copte din Ierusalim și în alte zone ale Țării Sfinte, construite în secolele XIX și XX, precum și o episcopie coptă la Khartoum, Sudan. Biserica are, de asemenea, o prezență mică în America de Nord, Australia și Marea Britanie. Bisericile ortodoxe etiopiene, armene și siriace sunt toate bisericile ortodoxe orientale în comuniune cu Biserica Ortodoxă Coptă. Bisericile ortodoxe orientale au fost considerate eretice de secole de către bisericile ortodoxe romano-catolice și de est. Cu toate acestea, de la sfârșitul secolului XX, Biserica Ortodoxă Coptă, ca și alte biserici ortodoxe orientale, a intrat în dialog cu ambele, rezolvând multe dispute teologice și obținând recunoașterea ca fiind doctrinal în curentul creștinismului ortodox.
